The plot (there's a plot?) of Yuugiroku is simple: 2~4 options lead you to each route.
There are no more options in character routes (except for Okita's go, go, and go), so you won't miss any CG.

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急いで起きる					もう少しだけ…
↙ 土方さんの 様子を見に戻る	↓ 他の隊士さんに聞きに行く			↘ 巡察に出る	↓ 中身を確かめる	↓ 伊東さんに屆ける
↓ 中身を確かめる ↓	↙ 近藤さんに指示を仰ぐ ↓ 中身を確かめる	↓ 斎藤さんに話を聞く ↓ 中身を確かめる	↘ 境內に出てみる ↓ 中身を確かめる	↓ 中身を確かめる ↓

Hijikata Route: 急いで起きる→土方さんの様子を見に戻る→中身を確かめる
Mini game 1
Press the button shown on screen.
Mini game 2
Find the box with Hijikata's Haiku in it.
Mini game 3
Use D-pad to aim, and press Ｏ to throw stones.


Okita Route: 急いで起きる→他の隊士さんに聞きに行く→近藤さんに指示を仰ぐ→中身を確かめる
Mini game 1
Use D-pad to dodge left or right, and press Ｏ to jump to avoid darts.
Mini game 2
Press the correndsponding button shown on screen.
Mini game 3
Press the opposite button shown on screen.


Saitou Route: 急いで起きる→他の隊士さんに聞きに行く→斎藤さんに話を聞く→中身を確かめる
Mini game 1
Turn the PSP 90 degrees. Use up & down on D-pad to move left & right to catch chestnuts, and press right to cut the other falling objects.
Mini game 2
Find the man on the wanted poster.
Mini game 3
Boost the red status bar on the right to reach the top.
For 「煩わしい……」, press △ ガンバレ！
For 「地を這う…」, press 口 ガマンして
For 「このドブネズミ…」, press Ｏ カッコいい
For 「我が妻に…」, press Ｘ 言い返せ


Toudou Route: 急いで起きる→巡察に出る→中身を確かめる
Mini game 1
Use D-pad to catch the laundry, and press Ｏ to hang it.
Mini game 2
Watch out for Sannan-san! Use D-pad to move, and press Ｏ to hide behind bushes.
Mini game 3
Press Ｏ according to instructions. 連打 means hit repeatly, and ゆっくり means slowly. Press Ｘ to jump.


Harada Route: 急いで起きる→他の隊士さんに聞きに行く→境內に出てみる→中身を確かめる
Mini game 1
Use D-pad to move and catch the cats. Press Ｏ to set the trap or pick it back up.
Mini game 2
Press the correndsponding button shown on screen.
Mini game 3
For「．．」, press 口 すすめる.
For「どいつもこいつも」, press Ｘ あいづち.
For「ハァ～」, press Ｏ 酒.


Kazama Route: もう少しだけ…→中身を確かめる
Mini game 1
Play Rock-paper-scissors first. Then press Ｏ if you win and Ｘ if you lose.
Mini game 2
Use D-pad to move, and press triangle to attack.
Mini game 3
Adjust the angle and strength (see the strength bar on the left). Press Ｏ to throw.


Shinsengumi's Hanami: もう少しだけ…→伊東さんに屆ける
After finishing all 6 routes, start a new game from the beginning, and this option would appear.